Biologia
Ha muerto el gran microbiólogo
Carl Woese. Me gusta
este comentario de Joe Felsenstein:
"Él introdujo la noción de que los microbios podían evolucionar. Antes de su trabajo y el de sus estudiantes a finales de los años 70, la mayoría de los textos de microbiología tenían discusiones sobre clasificación pero no sobre filogenia. Los grupos microbianos eran definidos según qué sustancias químicas podían teñirlos o según algún detalle de su metabolismo. Pero no había árboles en los textos de introducción a la microbiología (...)".
Se refiere a árboles evolutivos, claro. No a los de madera.
Woese es más conocido por el "descubrimiento del tercer dominio de la vida". Y ya podemos meternos en la eterna discusión sobre si clasificar de forma diferente unos organismos es realmente hacer un descubrimiento. Woese se basó en una gran distancia de parentesco evolutivo (algo que sí se descubre) para dividir las bacterias en dos tipos: arqueobacterias y eubacterias. Algo más tarde enfatizó sus diferencias (que son realmente muy interesantes) renombrando ambos grupos como Archaea y Bacteria. Mediante este truco excluyó a las
arqueas de su tradicional cajón bacteriano. Su sistema fue ganando gradualmente aceptación en la comunidad científica hasta la (casi) unanimidad actual.
Excluir a las arqueas de las bacterias crea algunas pequeñas paradojas de la nomenclatura. Hoy en día se suele considerar incorrecto llamar "bacterias" a las varias especies del género
Halobacterium, pertenecientes a la familia de las Halobacteriáceas, orden Halobacteriales, clase Halobacteria, literalmente "bacterias de la sal". ¿Por qué? Porque están en el grupo de las arqueas y por tanto *no son* bacterias.
El *no ser bacterias* se
explica a veces como si fuera un hecho real, algo de la naturaleza que alguien (Woese en este caso) descubre, obligándonos a adaptar la clasificación:
"Aunque muchos libros y artículos aún se refieren a ellas como "Archaebacteria", ese término ha sido abandonado porque [mis cursivas] no son bacterias; son arqueas"
Según Lynn Margulis, Woese, al proponer el término arquea, "trató de negar la naturaleza bacteriana de las arqueobacterias". Yo es que no sé muy bien lo que es la naturaleza bacteriana de las arqueobacterias, como tampoco sabría decir lo que es la naturaleza primate de los lémures, o de los humanos (algo en lo que se insiste mucho últimamente), o la naturaleza reptiliana de los pterosaurios... En mi opinión, las clasificaciones no son reflejos de la naturaleza o la esencia de los seres vivos, ni tampoco son "descubrimientos" de grupos que están ahí. Son artificios que contruyen los humanos con una buena dosis de arbitrariedad, idiosincrasia, moda, estrategia, etc. Son artificios muy útiles, eso sí. Sin embargo, de todo lo que hizo Carl Woese, puede que sus divisiones y sus nombres sean precisamente lo de menos.
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En la imagen, halobacterias. Fuente: NASA
2013-01-04 | Haz un comentario (hay 66)
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¿a qué llamas "discontinuidad que separa"? En términos objetivos
Por ejemplo, a que la comparación de genomas arrojen consistentemente agrupaciones (clusters, nubes de puntos, clados o como los quieras llamar) sin “puntos intermedios”, ramas muy largas, etc.
¿Cómo se puede "quedar en nada la procariotidad" si ser procariota es tener un determinado tipo de estructura celular, sin núcleo?
Es la presencia de núcleo lo que tiene relevancia para la clasificación, no su carencia. La carencia de núcleo es, con toda probabilidad, el estado primitivo de las primeras células, una plesiomorfía, es el estado “0” del carácter. “Procariotas” es como “invertebrados”; un grado, un adjetivo, pero no se ajusta a los criterios objetivos de la sistemática. Digo que se queda en nada (como criterio de clasificación) por ese motivo.
el criterio de utilizar solo grupos monofilético también se escoge por convención.
El criterio de basar la clasificación en la filogenia es más que una convención: es la única manera de que la clasificación tenga sentido científico y objetivo. Evidentemente que los científicos “convienen” elegir criterios objetivos para hacer su trabajo, ¡es lo suyo! ¿no? De esta forma es como puede llegar otro señor y refutar, usando los mismos criterios, una hipótesis dada.
Si tu criterio principal es de tipo cladista, puedes tener dos dominios y no tres, porque los eucariotas parecen estar más cerca de las arqueas que de las bacterias (incluso dentro de las arqueas según algún análisis).
Pero eso es justo lo contrario de la división de la que hablábamos antes (Procariota/Eucariota), luego entonces, estamos de acuerdo en que la anterior no es aceptable ¿cierto? No sólo una convención. Sobre la propuesta Arquea+Eucariota, mira, aquí sí que sería relevante la aparición del núcleo, pues ya no estamos hablando de una plesiomorfía, sino de una sinapomorfía (estado “1” del carácter) que define a las mil maravillas estructural y genéticamente un linaje monofilético.
A raíz del artículo enlazado: no soy microbiólogo, y desde luego no estoy capacitado para entrar en detalle sobre ese artículo en comparación con otros. El caso de los dominios sirve de ejemplo para el debate, que es en realidad sobre teoría sistemática. OBVIAMENTE, las clasificaciones son siempre provisionales, basadas en los datos que se tienen. Si nuevos datos alteran la reconstrucción de la filogenia, entonces hay que cambiar la clasificación, precisamente para que siga manteniendo sus criterios, y esto ocurre cada día como es natural. Sin embargo no hay que confundir la incertidumbre que rodea nuestro conocimiento en un momento dado, con la ausencia de un criterio válido.
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gualtrapatherion: sí, clasificar es una actividad humana, pero no por ello una mera convención. Si un agrupamiento no se corresponde con un sentido genealógico y filogenético, ese agrupamiento es OBJETIVAMENTE inadecuado biológicamente, le pese a quien le pese. Como es obvio, puesto que no tenemos acceso a la filogenia real y ésta nunca será accesible, nos ceñimos a nuestros datos parciales, que pueden cambiar con el tiempo y por lo tanto alterar las clasificaciones. Esto es incertidumbre, no arbitrariedad.
Claro que soy consciente de que los datos genéticos han cambiado las clasificaciones (van ya tres décadas de filogenia molecular, hay que dejar de considerarlo como algo "nuevo", estas técnicas son ya nuestro pan de cada día), pero estos cambios no son porque la morfología sea mala de por sí o incorrecta metodológicamente, sino porque los caracteres elegidos no eran adecuados porque no eran realmente homólogos. En el fondo, la filogenia molecular hace exactamente lo mismo: asume que cada posición de una macromolécula es homóloga a otras con las que se compara (y aquí también hay que tener cuidado de no meter la pata). El principio es el mismo: comparación de caracteres homólogos, independientemente de su origen. Lejos de hablar de desbancamientos, hacia lo que se tiende ahora es hacia la taxonomía integrativa, que busca la iluminación recíproca entre distintos puntos de vista (tiene la ventaja de ser eficiente y barato. Podría contar un par de batallitas sobre el tema, pero casi otro día). De todas formas, ¿Te has planteado cuántos taxones NO han sido cambiados por la filogenia molecular, sino que han sido validados por la misma? Si no son la gran mayoría, poco les falta, ese es un mérito que hay que reconocer a la morfología comparada de los siglos XVIII y XIX, (que dieron con ello "a pelo") y que pocas veces se hace.
Paleofreak: Espero que la cita de Linneo haya ido de cachondeo. No creo que sea necesario explicar por qué la opinión de Linneo está a años luz de lo que estamos discutiendo aquí.
Bien, si lo que pasa es que te gusta llamar "bacterias" a todas las procariotas (eso quería comprobar al pedirte tu definición: que me dijeras qué querías decir con esa palabra, no sé qué pensabas), obviamente tu "malentendido" con Woese es puramente nomenclatural. Woese en ese sentido no "redefine", sólo etiqueta. Si no te gustan las etiquetas, estás en tu derecho, eso sí que es algo muy personal, pero en el fondo irrelevante: la cuestión es que hay dos grupos distintos y contrastables de "células sin núcleo". ¿Que prefieres lo de eu- y arqueo-? pues perfecto que discutas sobre la idoneidad, pero eso no tiene NADA que ver con la discusión de fondo. Una mala etiqueta no dice NADA sobre lo objetivamente aceptable que es un taxón.
Sin embargo, como bien dice Manuel, el mérito de woese no fue "un truquito", sino reconocer las relaciones filogenéticas en el seno de las procariotas. Lejos de ser un grupo muy uniforme, hay una profunda segregación en dos linajes de procariotas. No es una segregación trivial, la laguna que las separa es inmensa, y muchas estructuras y piezas de la "maquinaria" celular que es prácticamente invariable e inalterada en todo el árbol de la vida está clarame dividida en dos versiones, sin estadios intermedios. Esta diferencia sería detectable por unos hipotéticos extraterrestres-microbiólogos. Curiosa e inesperadamente, uno de estos linajes está más estrechamente emparentado con las eucariotas. Esto en los años 70 fue un bombazo, algo que nadie podía esperarse, que nadie había detectado aún, nada de "truquitos".
Sobre el artículo de Arqueas+Eucariotas: vamos a dar por hecho que sus resultados se replican y se confirman con más estudios metagenómicos que arrojan información que antes no teníamos. Nada de lo que se ha dicho en el párrafo anterior cambiaría. Otras cosas sí, claro: quizá el número de dominios. Pongamos que habría que adoptar un sistema de dos dominios: "Bacteria" y "Purruchuflia" (Purruchuflia=Archaea+Eukarya). Sin duda sería un gran cambio, pero seguirías sin poder meter a (eu)bacterias y arqueas en el mismo clado "Monera". Hacerlo sería objetivamente incorrecto.
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| De: gualtrapatherion |
Fecha: 2013-01-09 09:10 |
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Copépodo, si el desacuerdo es únicamente lingüístico, con arbitrario no quería decir caprichoso, sino que se responde a una decisión humana que podría ser otra. Obviamente, una vez que todos los científicios aceptan el cambio evolutivo, y las relaciones filogenéticas entre los seres vivos, han de convenir en que la taxonomía debe ajustarse a esas relaciones, podrían no hacerlo, y seguir criterios de similitud morfológica, como se hacía antes. No es erróneo llamar ratites a las aves sin quilla, aunque ahora sabemos que Ratites es un taxon parafilético si no incluye a los tinamúes, simplemente es otra forma de calsificar, que ya no responde a la convención actual, que es seguir el parentesco filogenético, convención que asumo por completo, pero que no descendido del cielo, sino que ha sido adoptada por los investigadores humanos. Una vez que ése es el criterio asumido, hay que segir estrictamente sus reglas, claro. Pero como bien dices, nuestra forma de aproximarnos a esa realidad filogenética no puede ser absoluta, y eso obliga a nuevos compromisos de consenso entre diferentes opciones, ya que no es raro que estudios de distintas partes del genoma den clasificaciones no coincidentes.
Y sí, tambien hay muchos taxones que no han sido modificados por los análisis genéticos, pero la relación entre ellos, al menos en aves y mamíferos, se ha movido mucho, y se sigue moviendo.
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gualtrapatherion: la contingencia a la que te refieres (decisiones que son unas pero podrían ser otras) se debe únicamente a la incertidumbre: no sabremos nunca cuál es el "verdadero" árbol filogenético de todos los organismos; lo que conseguimos son aproximaciones, hipótesis basadas en los datos y los métodos. Si por arte de magia conociésemos con absoluta certeza el árbol real, no habría espacio para la contingencia: sólo habría una forma objetiva y científica de dar una clasificación (aunque, por supuesto, los nombres de los clados serían arbitrarios, como lo son todas las palabras).
PaleoFreak: me sorprende sinceramente que la objetividad y la falsabilidad te parezcan meras convenciones del método científico, cuando son parte de su esencia. ¿Qué otra "convención" taxonómica te parecería equivalente y científicamente aceptable?
Efectivamente, hablamos aquella vez con lo de los primates sobre la existencia o no de una agrupación de forma real y ya te mencioné que si bien cualquier agrupación es una abstracción, no implica que las abstracciones sean invenciones arbitrarias sin sentido. El concepto "Sistema Solar" ¿"Existe" fuera de la mente humana?. Existir, existir, sólo "existen" el sol y los astros que giran alrededor suyo, y a Saturno poco le importa cómo lo "clasifiquemos", ahora bien ¿Reconocer el Sistema solar como una entidad propia, cuando todos sus astros comparten un espacio y un origen e historia comunes es simplemente una convención artificial? ¿de verdad? ¿Existe la vía Láctea o sólo las estrellas que la integran? Ídem con el concepto "número primos" (es más, la propia idea de "número" es una abstracción en sí misma). ¿Te parece realmente que los "números primos" es simple y llanamente una convención humana para los números que sólo son divisibles por sí mismos y por la unidad? (o sea, un criterio como podría ser otro). Si hipotéticamente nos topáramos con una inteligencia extraterrestre, apostaría a que reconocería, en plan Sagan, la sucesión de los números primos, el concepto "galaxia" y que tienen clasificados a los organismos de su planeta basándose en su filogenia.
Sobre el "truquito": perfecto con que no te guste, y me parece muy legítima y pertinente la discusión sobre si el nombre es o no adecuado y si ha hecho más o menos daño la idea de que las arqueas no suenen nada bacterianas. ¡Nada que objetar! Curiosamente el prefijo arqueo- tampoco es nada adecuado, como sabrás. Nada más arbitrario y caprichoso que la sucesión de fonemas que se usa para nombrar a un mueble o a un clado de procariotas, en eso te doy toda la razón, pero por favor, no mezclemos churras y merinas y saltemos a perlas como (mis negritas):
En mi opinión, las clasificaciones no son reflejos de la naturaleza o la esencia de los seres vivos, ni tampoco son "descubrimientos" de grupos que están ahí. Son artificios que contruyen los humanos con una buena dosis de arbitrariedad, idiosincrasia, moda, estrategia, etc.
¡Cágate lorito! :oP
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